Masjid Raya Pondok Indah dibangun oleh Yayasan Masjid Raya Pondok Indah, diketuai oleh H. Sudwikatmono dan didukung oleh Yayasan Pondok Indah dan PT Metropolitan Kencana Jakarta. Perencanaan pembangunan masjid dipimpin oleh Ir. H. Ismail Sofyan. Pembangunan dimulai pada tahun 1990 dan selesai tahun 1992. Peresmian masjid raya pondok indah dilakukan pada hari Jumat 4 Desember 1992 pukul 11.00 oleh H. Sudharmono, SH (Wakil Presiden RI) dilanjutkan dengan salat Jumat.
Masjid Raya Pondok Indah ini terdiri dari 2 lantai. Lantai atas digunakan untuk ruang salat utama, sedangkan lantai bawah digunakan untuk ruang serba guna. Secara keseluruhan masjid dapat menampung 2.600 jemaah, yaitu lantai atas dan bawah.
Ruang atas, ruang salat utama terdapat dinding kiblat, tanpa ruang migrab. Bentuk ini merujuk pada Masjid Quba yang dibangun oleh Rasulullah SAW. Pada dinding mimbar dipahat kaligrafi dua kalimah syahadat. Untuk menambah keagungan masjid, sekeliling bagian atas ruang salat dipahat kaligrafi Asmaulhusna.
Masjid Raya Pondok Indah juga dilengkapi tempat wudu, perpustakaan, ruang kantor, gedung dan ruang jaga. Dalam pengolahan tapak, ruang-ruang itu sengaja ditempatkan di bawah permukaan tanah dengan maksud agar bangunan masjid tidak terhalang oleh bangunan-bangunan lain sehingga penampilannya menjadi lebih anggun.
Masjid biru, itulah sebutan lain bagi Masjid Raya Pondok Indah ini. Sebutan ini dikarenakan dominasi dari masjid raya pondok indah yang berwarna biru seperti atapnya yang berwarna biru.
